Tudo começou nos anos 50 com a família Takemura que vinha se dedicando ao Ministério de Escola Dominical, a Rua Sumidouro. Com o crescimento do trabalho, houve a necessidade da cooperação de alguns irmãos da Igreja de Saúde: Junka Obara,Isaac Hayashi e Kazuaki Kuwano. Nessa época já se realizavam reuniões domésticas.

No ano de 1960, devido ao crescimento numérico de pessoas que participavam da Escola Bíblia Dominical e do culto vespertino em Japonês, mudamos para Rua Miguel Isasa, na residência do Sr. Kishimoto.

Já em janeiro de 1963, o Concílio Anual da Igreja Metodista Livre reconheceu a organização oficial da Igreja Metodista Livre de Pinheiros com a designação do primeiro Pastor, Reverendo Hiroyuki Hayashi, auxiliado por sua esposa, Kaoru Hayashi, que até o fim de suas vida, 21 de agosto de 1999, permaneceram firmes no serviço a Deus na Igreja Local.